現代藝術博物館目前已擁有館藏超過15萬件個人作品、2萬多部電影以及4百萬幅電影劇照。其中最著名的作品包括：
梵高：《星月夜》
畢加索：《亞威農的少女》
達利：《記憶的永恒》
莫奈：《睡蓮》
馬諦斯：《舞》
蒙德裏安：《百老匯爵士樂》
塞尚：《沐浴者》
卡蘿：《斷發的自畫像》
該館亦有不少美國現代藝術家的經典作品，如傑克森·波洛克、格魯吉亞·歐姬芙、辛迪·雪曼、愛德華·霍普、安迪·沃荷、尚·米榭·巴斯奇亞、岑克·克羅斯、雷夫·巴格許與賈斯培·瓊斯。
現代藝術博物館同時也是將攝影藝術納入館藏的重要機構。在第壹任攝影部主任愛德華·史泰欽的主持下，收入了不少新聞攝影與藝術攝影的傑作，並由約翰·劄考斯基擴大規模，將電影、電影劇照等也納入收藏，使得此館成為美國電影與影片收藏的重鎮。
該館也針對設計作品開始典藏，包括有野口勇的設計產品、喬治·納爾遜、保羅·拉茲羅、埃姆斯夫婦等設計的椅子、燈具。收藏品範圍相當廣，小到第壹個能自動調整角度的滾珠軸承，大至壹臺貝爾47D1型的直升機。
2000年之後，現代藝術博物館由於館藏擴充甚多，原館址亦需整修，遂開始了新建物的計劃。該館在2002年5月21日關閉，將部份館藏遷往皇後區長島市的壹個舊釘書針工廠繼續展覽，稱做MoMA QNS。2004年11月20日，由日本建築師谷口吉生設計的新館開幕，門票從美金12元調漲到20元，引起了不少爭議。使它成為紐約市中最昂貴的博物館之壹。幸而該館經美國Target連鎖店贊助後，保持於每周五下午四點後，開放訪客免費參觀。谷口吉生的作品也在開館時廣受評論，除批評外觀不過是壹個中規中矩的現代建築外，亦有不少人對館內動線感到不滿。
在新館的花崗巖與玻璃建物外觀都完成後，該館壹年的訪客數約為250萬人次，比往年約150萬人數增加了許多，現任館長葛蘭·羅瑞希望保持訪客數在210萬人次。
2000年，現代藝術博物館宣布與英國泰德美術館聯盟，***同投資設立以現代藝術為主的大型網站。