耿精忠為耿仲明之孫、耿繼茂的長子，清初三大漢人藩王之壹。耿家先世為山東人，被遷至遼東蓋州衛。耿仲明先為毛文龍轄下參將，毛文龍為袁崇煥所殺受後降於努爾哈赤，編入漢軍正黃旗。順治初從多爾袞入關，1649年（順治六年）封靖南王。耿仲明死後，子耿繼茂襲爵。1671年耿繼茂卒，耿精忠襲靖南王爵。
順治十二年（1655年），耿精忠與肅親王豪格女成婚，封和碩額附。繼位後，左右由於讖緯有“天子分身火耳“之謠，耿精忠便勸令部署將士以待變。 清朝建立伊始，曾封明末降將吳三桂為平西王，鎮守雲南；尚可喜為平南王、耿仲明為靖南王均鎮廣東，時稱“三藩”。
從耿繼茂開始，借著“移鎮”的機會，就大面積圈地建造王府。他選準了福州東南部的地面，以現在的王莊為中心，圈屋二千余間，又在鄰近侵占300畝的田園，蓋起王府。所圈的屋地，大間的賞銀8兩，中間的6兩，小間的4兩。田園每畝3兩。居民立即驅離，不準復歸。於是王府的所在地就被稱為“耿王莊”，簡稱“王莊”，至今如是 。
耿王府的建設非常豪華。比如說大門前的壹對石獅，是特別選用廣東高要縣出產的“白石”。這種“白石”通明溫潤，潔白無比，若玻璃壹般。高要縣知縣楊雍按尺寸選最高超的工匠精雕細琢，知縣日夕監制，然後又翻越千山萬水從廣州運到福州來。王府所用的木料分檄各地官府，選購黃楠、黃楊、烏梨、高楊等珍貴品種，雇用幾千個工匠克日趕工。耿王到福州時又從廣州隨帶幾只印度的象在王府的附近豢養，所以今仍有“象園”的地名 。 康熙十二年（1673年），清廷下詔撤“三藩”，導致吳三桂起兵反清。
康熙十三年（1674年）三月，耿精忠在福州響應，殺福建總督範承謨（範文程之子）及幕僚50余人。並借修繕於山九仙觀之機，下令改塑王天君神像，改原先的坐像為立像，改“奴才相”為踞傲不恭的形態，暗伏對清廷的反叛；又不斷發展自己的藩鎮勢力，以封官晉爵拉攏黨羽，派遣心腹接管延平（今南平）、邵武、福寧（今霞浦壹帶）、建寧、汀洲（今長汀）諸府，以“復明”為幌子收買民心；令官民剪辮留發，衣服巾帽悉依明制，自鑄“裕民通寶”。看時機成熟，耿精忠自稱總統兵馬大將軍，分三路出兵：東路攻浙江溫、臺、處三州；西路攻江西廣信、建昌、饒州；中路攻浙江金華、衢州，並請臺灣鄭經攻廣東潮州、惠州，同時邀臺灣鄭經由海道取沿海郡縣為聲援，壹時兵勢甚盛。
當時平南王尚可喜沒有反清，反而與吳三桂等人火並，以示忠誠，他的兒子尚之信在康熙十五年（1676年）把尚可喜軟禁起來，才舉了反旗。
耿精忠反叛震驚朝廷。康熙帝壹面派兵進閩，下詔削精忠爵，並收禁其在京兄弟；壹面勸諭精耿忠改過自新，剿滅鄭經，繼續鎮閩。耿精忠不予理睬，繼續舉兵攻陷浙江江山、平陽、金華、義烏、諸暨，深入浙東；陷江西石城，進逼寧都、贛州；壹度攻陷安徽徽州、祁門，隊伍擴大到10余萬。
康熙十三年（1674年），朝廷派康親王傑書為奉命大將軍，率軍南下浙江。
康熙十四年（1675年），收復處州。 由於“三藩”之間相互矛盾，加上同臺灣鄭經反清勢力發生猜忌，耿軍軍餉匱乏，士氣不振，沿途暴虐，很快喪失民心，給清軍得以各個擊破的機會。
康熙十五年（1676年）八月，清軍進取江山，破仙霞關，入福建取浦城、建寧，克延平，抵水口。十月，朝廷命大將軍傑書遵詔招降耿精忠。清兵大軍壓境。耿精忠獻出“總統將軍印”，並殺範承謨以滅口，準備率水師外逃。但其親信徐文煥已暗投清軍，重兵在握，誆住精忠，不讓出城。清軍至洪塘進福州，耿精忠無奈，袒身露體，率文武官員出城迎降，並請仍留靖南王爵，從征剿滅鄭經軍，以功贖罪，朝廷恩準。耿精忠率兵挫敗鄭軍。接著又進軍潮州，打敗尚之信的軍隊，康熙帝詔精忠駐守潮州。 耿精忠降清後尚蓄逆謀之心，被部下暗中告發。
康熙十九年（1680年），清廷以耿精忠心存異誌，詔耿精忠入覲，以負恩謀反罪革去王爵，交司法審理。
康熙二十壹年（1682年）正月，“三藩”之亂徹底平息，大學士明珠上奏說：“耿精忠負恩謀反，罪過大於尚之信。”於是康熙帝下詔將耿精忠及其心腹死黨白顯忠、徐文耀、王世瑜等淩遲處死，範承謨子範時崇分割其肉祭墓。
耿精忠被誅後，其家屬得到了妥善安置，被“編五佐領，隸漢軍正黃旗”、“如漢軍例，披甲食糧”；他的兩個弟弟耿昭忠、耿聚忠都是在耿精忠被誅後四、五年善終的，並均被賜予了謚號。