文檔數據庫與傳統的關系數據庫有顯著的區別。關系數據庫通常將數據存儲在獨立的表中，這些表由程序開發人員定義，單個對象可能分散在幾個表中。對於給定的對象，文檔數據庫將其所有信息存儲在數據庫的單個實例中，並且每個存儲的對象可以不同於任何其他對象。這簡化了將對象加載到數據庫中的過程，並且通常消除了對類似方案(如對象關系映射)的需要。文檔數據庫不同於關系數據庫，關系數據庫基於關系模型，而文檔數據庫采用半結構化模型，數據和模式沒有分離，使用的結構數量取決於目標用途。在半結構化數據中，屬於同壹類的實體可以有不同的屬性，即使它們被分組在壹起，屬性的順序並不重要。
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