1938 5438+00年6月，日軍攻占漢口，吳國楨全家逃往重慶。
從65438年到0939年，吳國楨成為重慶市市長。1942，重慶隧道慘案後，吳國楨被免職。
1943年，吳國楨任外交部部長，1945年，任中國國民黨中央宣傳部部長。
蔣介石倒臺後，吳國楨作為他的幕僚四處活動，提出建議，並在8月1949成立的中國國民黨主席辦公室工作。但在省政上也有所作為，這也埋下了陳誠不滿吳的遠因。
國民黨逃離臺灣後，為了爭取美國的好感和支持，1949年2月，蔣介石任命吳國楨接替陳誠擔任臺灣省政府主席兼保安司令。