工作原理:PAGE-SDS電泳利用電荷效應和分子篩效應進行分離，而紙電泳主要利用電荷效應進行分離。
2.分辨率:在某些情況下，PAGE-SDS電泳的分辨率高於紙電泳。這主要是因為其高分子量的上限可以濾除大部分低豐度的蛋白質，從而提高分辨率。
3.步驟和設備:紙電泳壹般在玻璃纖維制成的“濕膜”上進行，而PAGE-SDS電泳的步驟和設備與傳統電泳不同，需要使用特定的凝膠介質。