厭氧發酵:在缺氧或厭氧條件下，主要利用厭氧微生物的堆肥過程。最終產物除腐殖質有機質、二氧化碳和甲烷外，還包括還原性物質如氨、硫化氫和其他有機酸。工藝簡單，不需要通風，但反應速度慢，堆肥周期長。
好氧發酵:在人工控制和壹定的C/N比、水分、溫度、通風等條件下，微生物將有機質轉化為穩定的腐殖質的過程。這種堆肥無味無蠅，但有淡淡的土腥味。
二、有機肥發酵工藝
靜態堆制堆肥:無需翻堆，可保證堆體有效實現高溫和病菌滅活，縮短堆肥周期。
動態條形堆肥:通過人工或機械定期翻動堆體來保證堆體的好氧狀態。
反應器堆肥:在壹個或幾個容器中進行，能有效控制溫度和濕度，從而監控堆肥的發酵程度。