與以前相比，發酵不能快速有效地進行，稭稈不能有效分解，這樣發酵時間會大大延長，肥力降低，表現為缺氮多碳。使用時註意增加氮肥的用量。
建議在發酵過程中盡可能平衡氮碳比，以滿足微生物的正常活動。同時，發酵時應添加微生物菌種，厭氧發酵時添加EM菌或活力99，好氧發酵時添加酶菌，以加快發酵速度，提高發酵質量，促進肥力提高。
與種植綠肥相比，堆肥和糞肥在原料和肥效上是不同的:
堆肥養分均衡，氮碳比合理，肥效持久，所以多用作基肥。
糞肥含氮量相對較高，肥力高於堆肥，但肥速比較快，適宜用作基肥和追肥，使用時註意防止燒苗。
種植綠肥養分含量高，氮碳比合理，施肥率高，但不如直接還田，也就是先用它餵動物，再用動物糞便，利用率更高，還能拉長產業鏈，增加收入。