讓水族箱水循環有兩種方式:氧氣循環系統可以通過種植水生植物，利用動植物呼吸和植物光合作用，或者利用氣泵增加氧氣來發揮作用；氮循環系統需要由有機物、氨、硝化物、硝酸鹽等組成。也可以植物介入，但是直接吸收。
魚缸的水循環分為兩部分，壹部分是氧氣循環，壹部分是氮氣循環。魚需要呼吸氧氣，可以通過安裝氧泵來實現，但如果要建立循環系統，最好在水箱中種植水生植物，這樣可以通過光合作用釋放出來。氮循環需要硝化菌，它能將糞肥分解產生的氨氮轉化為硝酸鹽。
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