(1)在學科體系上，傳統金融學無法將市場機制和非市場機制的資源配置統壹到帕累托效率，忽略了將市場機制作為研究政府經濟行為的前提。在政府經濟學中，建立了壹個結合兩者的理論模型。(2)傳統金融學把政府決策作為既定事實，把國家意誌和政府決策作為外生變量來研究。在政府經濟學中，國家(政府)是壹個組織系統，國家的意誌和政府的決策由壹套政治程序決定，政治程序的經濟效應用新古典主義的分析方法來分析。(3)傳統金融學側重於研究政府收支的形式和過程，特別是財政收入。政府經濟學重視研究政府財政對國民經濟的影響，特別強調政府支出的經濟分析，因為政府支出是政府行為的成本，更能反映政府決策和行為的意圖。
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