中藥學院現設天然藥物化學、生藥學藥用植物學、中藥制劑學、中藥藥理學、中藥分析學和中醫藥學等6個教研室，另設生藥學、中藥復方學、中藥開發、遺傳育種學、中藥生物技術和中藥資源學等6個研究室；並附設有中藥標本館與藥用植物園。
其中天然藥物化學教研室是中國藥科大學國家級重點學科藥物化學學科的重要組成部分，生藥學科是國家級重點學科，現代中藥與天然藥物化學為江蘇省重中之重學科，學院還設有原國家醫藥管理局新藥研究管理中心南京中藥復方和質量標準研究重點實驗室。