中華中醫藥學會在理事會、常務理事會的領導下，由秘書長主持日常工作。學會機關設有11個部門：辦公室、學術部、繼續教育與科學普及部、國際交流部、科技評審部、推廣發展部、會員服務部、研究與評價辦公室、期刊管理辦公室、信息部、後勤保衛部。