1、廢水量大：凈水器的過濾精度越高相對的廢水率也越大，RO膜作為深度凈水機的核心部件，其工作過程實際上也是壹個液體濃縮的過程，所以壹般凈水器的凈水和廢水比例可能會達到1:3，廢水量小的也有1:1。
2、維護不便：凈水器按照管路可以分為漸緊式和自潔式兩大類，其中漸緊式的內部為五級過濾通路，汙垢會在濾芯內部沈積，所以需要定期的人工拆洗以保證機器正常的工作，自潔式的凈水器雖然能夠自動清洗，但是定期的檢查也必不可少。