1、範圍和效率不同。傳統育種技術壹般只能在生物的種內實現基因轉移，而轉基因技術所轉移的基因則不受生物物種間親緣關系的限制，可以跨越物種甚至是屬、綱、門、界來轉移遺傳物質。
2、傳統育種技術壹般是在生物個體水平上進行，操作對象是整個基因組，所轉移的是大量的基因，不能準確的對某個基因進行操作和選擇，對後代的表現預見性差。
3、轉基因技術。所操作和轉移的壹般是壹個或少數幾個經過明確定義的基因，功能清楚，後代表現可準確預期。科學證據證明，轉基因技術在遺傳物質的導入方面，具有雜交和其他傳統育種方法無法比擬的精確性。