（1）、根據微生物種類不同分為：好氧性發酵和厭氧性發酵。
（2）、根據培養基狀態不同分為：固體發酵和液體發酵。
（3）、根據發酵設備分：敞口發酵、密閉發酵、淺盤發酵、深層發酵。
（4）、根據微生物發酵操作方式的不同分為：分批發酵、連續發酵、補料分批發酵。 （5）、根據微生物發酵產物的不同分為：微生物菌體發酵、微生物酶發酵、微生物代謝 產物發酵、微生物的轉化發酵、生物工程細胞發酵。