1.食品工業:發酵技術廣泛應用於食品加工，如面包、酸奶、啤酒、紅酒、醬油、豆腐、醋等。
2.制藥工業:大量的抗生素和藥品是通過發酵工藝生產的，如青黴素、鏈黴素、萬古黴素、洛伐他汀等。
3.生物制藥行業:發酵技術是生物制藥行業的重要生產技術之壹，可以生產蛋白藥物、疫苗、基因工程產品等。
4.化學工業:發酵技術在化學工業中的應用主要是生產有機酸和氨基酸，如乳酸、醋酸、谷氨酸、賴氨酸和精氨酸。
5.環保項目:發酵技術可用於處理壹些生活垃圾和工業廢水，如重金屬和有機廢物的微生物降解。
6.能源行業:發酵技術在生物燃料領域的應用主要是利用生物質發酵生產乙醇和生物柴油。
7.纖維素工業:微生物發酵可應用於殘余纖維素的處理，如將纖維素轉化為酒精、醋酸和丙酮。