臨床上主要存在三個問題:①內口難找:能否正確找到內口是掛線成敗的關鍵。醫生在探查尋找內口時經常遇到內口閉合，即假愈合或管道不通暢，結果很難找到正確的內口。
②傷口粘連、引流不暢:掛線後患者肛門因疼痛始終處於收縮狀態，使肛門外的傷口不能完全松解，往往使已經打開的傷口迅速粘連在壹起，導致外口引流不暢，容易復發瘺管。
③掛線不易脫落:掛線療法是利用橡皮筋的彈性回縮力打開瘺管，所以掛線壹般在10 ~ 15天左右自然脫落。但是在臨床上，掛了壹個多月的人都會遇到，只會增加患者的痛苦。