直線職能制組織結構是現實中運用得最為廣泛的壹個組織形態，它把直線制結構與職能制結構結合起來，作為該領導的參謀，實行主管統壹指揮與職能部門參謀、指導相結合的組織結構形式。
直線職能制是直線制與職能制的結合。它是在組織內部既有保證組織目標實現的直線部門，也有按專業分工設置的職能部門；但職能部門在這裏的作用是作為該級直線領導者的參謀和助手，它不能對下級部門發布命令。這種組織結構形式吸取了直線制和職能制的優點：壹方面，各級行政負責人有相應的參謀機構作為助手，以充分發揮其專業管理的作用；另壹方面，每壹級管理機構又保持了集中統壹的指揮。但在實際工作中，直線職能制有過多強調直線指揮，而對參謀職權註意不夠的傾向。