1，機構性質不同:孤兒院是收養被社會遺棄嬰兒的慈善組織；福利院是國家、社會和團體為幫助有社會困難的人和疾病患者而創建的福利機構。
2.收養人不同:孤兒院收養棄嬰；福利院分為三種:老人，殘疾人和兒童。敬老院收養自費老人和“三無”老人，殘疾人福利院收養自費殘疾人和“三無”殘疾人，兒童收養孤兒、殘疾兒童和自費殘疾兒童。
3.資金來源不同:孤兒院和福利院都是國家和政府開辦的福利機構，但孤兒院壹般都是全額撥款，而福利院是全額撥款，差額撥款。