1.普通PCR引物設計的主要目標是保證引物與模板DNA的序列是互補的，以便在PCR反應中能有效地擴增出目的片段。因此，對於普通的PCR引物，設計的關鍵是選擇與模板DNA特定區域互補的序列。壹般要求引物長度在15-30bp之間，上下遊引物差異不能太大，引物本身不能有四個連續堿基的互補。
2.基因突變引物的設計是在已知基因序列的基礎上，有目的地替換特定位置的堿基，通常是為了研究壹個基因的關鍵功能域，甚至是特定氨基酸位點的功能。所以設計突變引物的關鍵是突變盡可能少的堿基來改變氨基酸。比如需要將編碼Ala的密碼子GCC突變為GCC(即不改變氨基酸)，就需要改變1個堿基。