抗生素等抗菌劑主要用於殺滅人(或其他高等動植物)沒有的細菌。有五種機制:它們阻礙細菌細胞壁的合成，導致細菌在低滲透壓環境下膨脹、破裂、死亡。哺乳動物細胞沒有細胞壁，不受這類藥物的影響。與細菌細胞膜相互作用，增強細菌細胞膜的通透性，打開膜上的離子通道，讓細菌中有用的物質漏出細胞外或因電解質失衡而死亡。與細菌核糖體或其反應底物(如tRNA、mRNA)相互作用，抑制了蛋白質的合成，也就是說不能合成細胞生存所必需的結構蛋白和酶。阻礙細菌DNA的復制和轉錄會阻礙細菌細胞的分裂和繁殖，阻礙DNA轉錄成mRNA會阻礙後續的mRNA翻譯和蛋白質合成過程。影響葉酸代謝抑制細菌葉酸代謝過程中的二氫葉酸合成酶和二氫葉酸還原酶，阻礙葉酸代謝。
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