2.演奏方法不同，馬頭琴的弓和弦是分開的，二胡的弓夾在兩根弦中間。
3.音高不同，馬頭琴音高為正4度d1~a，正5度d1~g(粗弦在外，細弦在內)，負4度A ~ d 1；二胡的調音通常是內弦d1，外弦a1。
擴展數據:
馬頭琴是中國蒙古族的壹種弦樂器，因琴頂刻有馬頭而得名。馬頭琴有著悠久的歷史，它是從唐宋時期弦樂器西琴的發展演變而來的。
成吉思汗(1155—1227)已在民間流傳。據《馬可波羅遊記》記載，12世紀，韃靼人(蒙古人的前身)流行壹種二弦琴，可能就是它的前身。用於明清宮廷樂隊。
馬頭琴是蒙古族的代表性樂器，不僅在中國和世界樂器家族中占有壹席之地，也是民間藝人和牧民喜愛的樂器。馬頭琴演奏的音樂具有深沈、粗獷、激情的特點，體現了蒙古族的生產、生活和草原風情。