食用菌廣泛分布於地球各地，在森林落葉區更為豐富。山林中生長的木本真菌種類和數量很多，有蘑菇、木耳、銀耳、猴頭菇、松茸、紅菇、牛肝菌等。在田野、路旁、草地和幹草堆裏，有糞便和生草細菌，如草菇和口蘑。高溫出菇真菌在南方生長較多；低溫出菇真菌多生長在高寒地區和北方寒冷地區。
大多數食用菌屬於擔子菌；很少是子囊菌。從外觀上看，食用菌不像微生物，所以壹直是植物學的研究對象。但從它們的進化史、細胞結構、早期發育特征、各種生物學特性和研究方法來看，可以證明它們與其他典型微生物——顯微真菌是完全壹致的。事實上，如果將其龐大的子實體理解為陸地條件下壹般真菌菌落的特化和高度發達形式，蘑菇與其他真菌並無不同。