1949中華人民共和國成立後，南隨國民黨遷往臺灣省，並應邀在許多大學、機構和社會團體講學。後來在美國、香港等地生活過。2012 9月19日，南病危的消息從媒體傳來。29日下午4時，南在蘇州太湖大學堂病逝，享年95歲。
南懷瑾生前著作以講學為主，精通儒、釋、道等經典，致力於傳播中國傳統文化。出版的代表作有《論語》、《孟子旁路》、《原大學略談》、《易經雜記》等，被翻譯成八種文字，在世界各地流傳。