但是它們之間也有壹些關鍵的區別。傳統的認知研究方法側重於建立壹個理論模型，然後通過調查和實驗來驗證其存在的合理性。然而，認知神經科學的研究方法強調尋找解剖學原理和驗證壹種認知心理學的客觀存在機制，而不是僅僅停留在壹個想象的模型中。
總之，認知心理學和認知神經科學的傳統研究方法既有相似之處，又有顯著差異。他們都試圖揭示認知現象的本質，並從不同角度為認知科學研究做出了貢獻。