中醫是在7世紀到9世紀從中國傳入日本的。在江戶時代，源於中醫的傳統治療方法被稱為“中國醫學”，以區別於從歐洲傳入的“蘭方醫學”和日本自己的“何方醫學”。中醫以《傷寒論》、《傷寒論》、《金匱要略》為主要經典。
現代日本從1967開始接受中國醫療藥品進入醫保允許使用的藥品目錄。如今，已有148種中藥獲得認可。