(2)種類有差異:細菌、藍藻、放線菌、衣原體、支原體；動物、植物、真菌、衣藻、綠藻、紅藻等。
(3)細胞壁不同:原核生物是肽聚糖，真核生物是纖維素和果膠。
(4)細胞質細胞器不同:原核細胞不含復雜的細胞器，但有的能進行光合作用和有氧呼吸。這些位點分別位於細胞質基質和細胞膜上。例如光合細菌、藍細菌和硝化細菌。
高等植物中成熟的葉肉細胞是獨特的:細胞壁、大液泡和葉綠體。低等植物細胞是獨特的:細胞壁、液泡、葉綠體和中心體。動物細胞是獨特的:中心體，(沒有細胞壁，葉綠體和大液泡)。
(5)原核生物的遺傳不遵循孟德爾遺傳規律，其變異依賴於基因突變，因此細胞不能進行有絲分裂和減數分裂。真核生物的遺傳遵循孟德爾遺傳規律，其變異來源包括基因突變、基因重組和染色體變異。
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