醫院設有兒科、腦病科、精神病科、腫瘤科、骨科、耳鼻喉科、風濕科、外科、婦科、急診科、肺病科、腦病科、腎內科、血液科、肛腸科、疼痛科、眼科、脾胃病科、藥劑科、檢驗科、功能科、病理科等臨床和醫療科室。
其中，醫院擁有衛生部國家臨床重點專科3個，國家中醫藥管理局重點學科2個，國家中醫藥重點專科6個，上海市優勢專科2個，中醫藥示範中心1個，上海市中醫藥預防保健示範單位1個。
此外，還成立了上海市中醫研究院中醫兒科研究所，與上海市中醫研究院老年醫學研究所合作成立了中醫老年醫學轉化醫學研究中心，還與上海市中醫學會合作成立了上海市名老中醫學術經驗研究中心。
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