根據目的或服務對象，水利工程可分為:
防止洪水災害的防洪工程；防止旱澇災害，為農業生產服務的農田水利工程或者排灌工程；將水能轉化為電能的水電項目；改善和創造航運條件的航道和港口項目；為工業和生活用水服務並處理和排除汙水和雨水的城市給水排水工程；防止水土流失和水汙染，維護生態平衡的水土保持工程和環境水利工程；保護和促進漁業生產的漁業水利工程；為滿足工農業生產或交通運輸需要而進行的填海造地、圍海工程等。同時為防洪、灌溉、發電、航運等多項目標服務的水利工程，稱為綜合利用水利工程。按照工程量劃分，水利水電為大型水利工程，港口航道為中型水利工程，農田水利工程為小型水利工程。在學科設置上，水利工程為壹級學科，水利本科主要專業方向有:水文水資源工程、水利水電工程、港口航道與海岸工程、農業水利工程等。碩士主要包括水文水資源、水工結構工程、水利水電工程、水力學與河流動力學、港口、海岸與近海工程。