首先，汙泥厭氧消化技術投資大，國內在汙泥消化處理方面沒有太多的工程經驗。大型汙泥消化設備大多從國外進口，基礎投資和運行費用高。
其次，汙泥厭氧消化需要投入大量資金，不僅要建設消化裝置，還要建設配套的處理設施。經過厭氧消化後，汙泥只能減重約1/3至1/2。從汙泥處置的整個產業鏈來看，厭氧消化並沒有達到最終的處置目標，大量的剩余汙泥殘渣將被留給其他技術處理。產生的消化液COD濃度高，需要建立配套的汙水處理設施或返回汙水處理廠處理。
這需要大量的額外投資和運營成本。因此，消化處理工程的建設不僅要考慮消化裝置的投資和運行費用，還要考慮其他配套條件的投資和運行費用。
再次，我國汙泥含砂量較高，有機質含量低於歐美國家，汙泥可生化性差，消化設備運行穩定性、沼氣產量等指標普遍達不到國外標準。所以國外廣泛采用的消化技術在國內並不理想，難以普及和推廣。
此外，汙泥厭氧消化會產生大量甲烷等可燃氣體，對消防安全等級和管理要求較高，工廠內不能穿帶釘的鞋。厭氧消化設施占用的面積看似比好氧發酵小很多，但厭氧汙泥消化設施周圍需要幾百米的防護距離。事實上，該項目占用的總面積相當大。據了解，目前，厭氧汙泥消化工藝仍是世界各國汙泥處理的主要方法。厭氧消化工藝是20世紀四五十年代發展起來的壹種成熟的處理工藝。歐美大部分汙水處理廠都有汙泥消化池。