信息系統審計是傳統審計的壹部分，以傳統審計理論為基礎。兩者關系密切，但也有壹些區別。它們之間的聯系是信息系統審計繼承了傳統審計的基本理論和方法，就像傳統審計壹樣。站在立場上，要求信息系統審計人員站在獨立的立場上，選擇特定的審計對象，通過詢問、檢查、分析、模擬、測試等手段獲取客觀的審計證據，判斷與既定標準的符合程度。在程序上，信息系統審計壹般要經過審計計劃、合規性測試和實質性測試、審計報告等主要階段才能實現審計目標；兩者的區別也很明顯，主要表現在:壹是信息系統的審計對象不同於傳統的財務領域，而是信息系統，包括基礎設施、軟硬件管理、信息安全、網絡管理和通信；其次，信息系統審計提出了更多的審計方法和程序，這是傳統審計所不具備的。比如審計壹個軟件，需要采用相當高科技的測試，審計網絡安全，需要采用滲透測試(模擬黑客進行各種攻擊，驗證其安全性)；再次，信息系統審計不僅僅是事後審計，還關註系統的運行狀態。在某些情況下，它直接參與項目的開發或變更過程，以確保充分控制的順利實施。最後，信息系統審計的咨詢價值更高，信息化的風險很大。信息系統審計人員可以憑借自己的專業知識和實踐經驗，委托或主動為被審計單位的管理人員或其業務人員服務，幫助企業建立和完善內部控制制度，進行系統診斷，根據企業的需求確定信息化的目標和內容，選擇合適的信息系統。
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