1，港口物流基礎設施薄弱，港口設備參差不齊。港區的裝備水平相當於發達國家六七十年代的水平。港口物流設施設備標準化程度低，各種運輸方式之間設備標準不統壹。
2、港口的結構性矛盾比較突出，港口碼頭泊位少。？特別是大型專業化深水泊位更少。②?集散條件差？運輸存儲容量低。港口航道水深不適應大型船舶發展的要求，港區與城市發展的矛盾日益突出。
3、政企分開的現象依然存在，不利於港口物流業的建設和發展。導致港口企業不能按照現代企業制度的要求自主決策、自主經營，港口相關產業、商貿、交通運輸、港口服務業、現代物流不能相應發展，港口功能結構不合理、相對單壹。
4、物流聯盟程度低，港口物流信息系統利用率不高。各個港口的物流業基本處於無序競爭狀態，碼頭前的裝卸與後方的儲運不協調。尤其是後方儲運，規模較小，大部分還比較粗放，物流信息管理和技術手段相對落後。
5、物流標準化水平低。物流標準化建設還處於起步階段，各方面都存在問題。比如，各種運輸方式之間設備標準不統壹、物流設備標準不兼容、信息技術無法實現自動化無縫連接處理、物流標準應用推廣困難等，都制約了港口物流的發展，降低了物流效率。
6、缺乏港口物流專業人才。港口物流專業人才極度匱乏，普遍缺乏現代物流意識，同時導致物流企業的專業物流服務和管理水平提升有限。