臺灣蘇哈托政權垮臺後，印尼政府相繼廢除了壹系列歧視華人的法律，包括在法律中規定華人不是印尼本土居民，不再禁止印尼華人學習普通話等。印尼華裔總統瓦希德上臺後，解除了在印尼公開展示中國文化符號和推廣中國文化的禁令。瓦希德自稱是鄭和下西洋隨行人員的後代，並承認自己的祖先來自福建。蘇哈托政府倒臺後，幾乎每屆印尼政府都會有華人部長。印尼著名經濟學家郭建義成為首位部長，隨後馮慧蘭成為首位中國女部長。2002年，中國春節甚至被時任印尼總統的梅加瓦蒂(蘇加諾的女兒)定為印尼的全國性節日。
然而，印尼多年的排華政策形成的排華情緒也難以在短期內消除。例如，盡管鐘萬學壹度擁有很高的支持率，但他最終因與族裔群體有關的宗教原因被解職，並被判處兩年監禁。從某種程度上說，鐘萬學的遭遇也是印尼華人社會現狀的壹個縮影。即政治地位大大提高，遭受的歧視比過去少了很多。然而，歧視的減少並不意味著它已經消失。印尼華人有時會遭遇隱性歧視，甚至不公平待遇。但是總體來說，華人在印尼的地位已經有了很大的提升，可以說和1998之前的情況相比已經有了很大的變化。
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