根據操作對象和技術的不同，生物技術可分為細胞工程、基因工程、蛋白質工程、發酵工程和酶工程。細胞工程是應用細胞生物學和分子生物學的原理、方法和技術，按照人的設計，有計劃地大規模培養某壹物種的組織或細胞，從而獲得該生物的產物，或者改變細胞的遺傳特性，產生新的物種或品系；基因工程(Geneengineering)又稱基因操作和重組DNA技術，是將生物有機體的DNA分離提取出來，在體外切割拼接形成重組DNA分子，然後轉化到受體細胞中，使外源基因在受體細胞中增殖表達；蛋白質工程(proteinengineering)是根據蛋白質的結構與生物活性的關系，利用基因工程對天然蛋白質進行定向改造或根據人類需求設計制造新的蛋白質。發酵工程有時也稱為微生物工程，是利用微生物生長速度快、生長條件簡單、代謝過程特殊的特點，通過微生物的某種功能，在適當的條件下，借助現代工程技術，生產出人類所需的產品。酶工程(Enzymeengineering)是利用酶、細胞器或細胞的特定催化功能，或對酶進行修飾，利用生物反應器和工藝流程生產人類所需產品的新技術。需要指出的是，上述五種技術並不是獨立的，它們是相互聯系、相互滲透的。
其中，基因工程技術是核心技術，可以帶動其他技術的發展。比如通過基因工程改造細菌或細胞後得到的“工程菌”或細胞，必須分別通過發酵工程或細胞工程產生有用物質；
再比如通過基因工程技術提高酶的產量、穩定性和催化效率。