(1)菌株間的拮抗反應這是壹種古老而有效的菌株鑒定方法。它通過將測試菌株的菌絲體接種在相同的培養基上而生長。當不同菌株的菌絲體相遇時，它們會相互排斥，直到菌絲體產生棕色隔膜。如果菌株之間有拮抗反應，則表示不同菌株，如果沒有拮抗反應，則表示同壹菌株。拮抗反應菌株間的遺傳差異很大。
(2)菌株酶譜分析根據王澤生報道的實驗室同工酶電泳鑒定方法，以同工酶電泳條帶的移動性為基礎，比較分析同工酶類型(主要是酯酶同工酶)的差異，推斷菌株間基因型的相似性，由此區分蘑菇菌株的類型(高產、優質、中等、易褐化、不育)。單獨用這種方法很難區分不同的菌株，要綜合分析其他指標來區分。
(3)菌株細胞內DNA分析這是通過核酸內切酶的選擇和待測樣品的消化(如CTAB法和SDS法)從待測菌株的細胞內提取DNA，以DNA片段為引物進行DNA分子雜交，然後通過電泳顯示顯示條帶的異同。常用的方法包括聚合酶鏈反應(PCR)、限制性DNA片段長度多態性(RFLP)、隨機擴增多態性DNA(RAPD)等。
目前，對於不同的蘑菇菌株的鑒定，可以采用拮抗或酶譜等古老或常規的方法進行鑒定。對於遺傳差異較小的菌株，僅用壹兩種方法鑒定仍有困難，需要用多種方法同時鑒定。