手術指征通常是首先考慮肺結節的大小。如果小於8 mm，只需要病理分層。如果大於8 mm，則根據癌癥風險、手術風險和患者喜好確定具體方法。如果肺功能和耐受性差，可以考慮肺葉切除術。
其次，在隨訪的過程中，如果發現形態和新的變化，此時就要考慮手術。還有壹種特殊類型，就是毛玻璃，直徑小於50%的毛玻璃樣結節，更容易癌變或癌前病變，要考慮手術。在隨訪過程中，最常見的肺結節是最大的。
除了大小、形狀和隨訪，經典的手術方式有三種，壹種是開胸手術，壹種是縱隔鏡手術，壹種是胸腔鏡手術。對於肺結節更推薦和首選胸腔鏡手術。胸腔鏡手術的原理是基於術中病理。如果術中病理診斷為良性、轉移性腫瘤、不典型增生、原位癌或微浸潤，在這種情況下，可以考慮做肺葉切除，不強調淋巴結清掃。如果是術中浸潤性腺癌，就要考慮肺葉切除和選擇性或系統性淋巴結清掃。