(1)成員定位不固定，有臨時想法，有時責任心不夠強。
(2)雙重領導下的人員，有時不容易分清責任，需要花費大量時間進行協調，從而降低了人員的積極性。
針對矩陣式系統，矩陣式系統模式有利於規劃項目的順利完成，提高企業的適應能力，同時建立企業職能部門層面的專業能力。對於有項目管理的企業來說，矩陣制是壹個非常好的運作模式。
以房地產企業為例，對於很多同城或區域附近的多項目公司，大多選擇矩陣式模式，業內著名的萬科、金地、華潤都選擇這種模式。
與矩陣微分系統相比:
matrix的精神是用少量的業績穩定忠誠的消費者，用壹個相當有深度的穩定的組織網絡的重復消費獲得高額獎金。與傳統的太陽線差動系統相比，矩陣系統具有極其明顯的優勢。
矩陣:不用囤貨；不需要爬樓梯；不怕超越；只要保持個人基本業績的傳統級差:為了拿獎金，妳得達到固定業績，這就有囤貨的危險；妳可能得不到差額百分比，因為部門提升了壹個級別。
部門升壹級，造成組織分離；與目前流行的雙向制相比，也有顯著優勢:矩陣:財富相對均等，時間越長收益越多。