針灸有著悠久的歷史。古籍中多次提到針灸的原始工具是砭石，稱為砭石。這種砭石出現在距今約8000年至4000年前的新石器時代，相當於氏族公社制度的後期。在中國的考古中發現過石匾。春秋時期(公元前770-476年)，醫學擺脫了女巫的束縛，有了專業的醫生。據《春科左氏傳》記載，名醫在給金治病時，就指出要“攻其不中，達其不中，得其不藥。”這裏的“達”和“攻”指的是針灸和火灸。
從戰國到西漢(公元前476年到公元25年)，隨著煉鐵技術的進步，金屬針逐漸普及。金屬針逐漸取代砭石，從而擴大了針灸的實用範圍，加速了針灸的發展進程。東漢和三國時期，出現了許多擅長針灸的醫學專家。其中皇甫謐所著的《針灸甲乙經》成為壹部完整的針灸專著。兩晉南北朝時期(公元256-589年)，針灸專著明顯增多。在此期間，針灸傳播到韓國，日本和其他國家。
隋唐時期(公元581至907年)，針灸學發展成為壹門專門學科，當時的醫學教育機構太乙部就有針灸學專業。隨後，針灸繼續向縱深發展。公元16世紀，針灸傳入歐洲。但是到了清代，醫生對醫學的重視超過了對針灸的重視，這在壹定程度上阻礙了針灸的發展。
1949中華人民共和國成立後，針灸大發展。2000多家中醫院設有針灸科；針灸的科學研究已經涉及到身體的各個系統和臨床學科；通過對針灸的調節、鎮痛、增強免疫以及經絡現象、穴位與臟腑相關的研究，獲得了大量有價值的科學實驗數據。