戰國末期，越國被楚國所滅，越國皇室退守今福建，建立閩越國，並與當地原住民融合，形成閩越語。後來漢武帝滅閩越，將大量閩越民族遷入江淮地區居住。福建之地空無壹人，只有漢朝的駐軍駐紮在此。這些駐軍將其母語古漢語帶入福建，並融入閩越語的元素，最終形成了原始的閩語。正因為如此，今天閩語的各個分支中都有大量的古代漢語和漢代語音的成分。
閩語分支主要經過的福建，多山，交通不便，故有“十裏異音”之稱。閩語是從古漢語或者中古漢語分化出來的，和四川已經滅絕的巴蜀語的形成非常相似。關於閩語何時開始分化為不同的語言，在當今的語言學中有很大的爭議。
西晉末年，永嘉之亂發生，大批中原漢人遷居福建避災。晉安縣人口激增，史稱八姓入閩。這些移民從中原漢語中帶來了大量的音素。669年，陳政、陳元光率軍從河南固始遷至福建，在漳州獨立。唐朝時期，由於科舉制度的影響，切韻音系傳入福建。唐末五代十國時期，王和王領兵入閩，後在福州建立福建割據四十余年。這些事件對閩語產生了巨大而深遠的影響。
明清時期，大量閩南人乘船移民到浙江南部、廣東南部、海南和臺灣省，將閩南語傳播到沿海地區，形成了現在的格局。還有很多福建人移民到海外東南亞等地，所以東南亞國家也有相當數量的講各種閩語的族群。