“中藥”壹詞的廣泛應用，與外來藥物（尤其是西方藥學）的輸入直接相關。早期傳入的外來藥物對我國傳統藥學的影響並不大，而且很快被收入歷代本草之中，並賦予了中醫藥理論體系的特有內涵，豐富和發展了我國傳統藥學。如《新修本草》8至少收載有27種藥材不是中國出產；《海藥本草》9收錄藥物所註的產地大都是外國地名。
隨著17—18世紀我國西學東漸速度的加快，西方醫藥輸入日益增多。由於中西藥之間有明顯的差異，為便於區分，人們逐漸把中國傳統藥物稱為“中藥”。如，在清代末期“醫士”考試試卷中出現過“中藥”稱謂；近代名醫張錫純10的《醫學衷中參西錄》中明確提出了“中藥”與“西藥”的概念及其二者差異。雲：“蓋西醫用藥在局部，是重在病之標也；中醫用藥求原因，是重在病之本也。究之標本原宜兼顧，若遇難治之證，以西藥治其標，以中藥治其本，則奏效必捷，而臨證亦確有把握矣”。