在壹定的溫度和濕度條件下，通過黴菌和酶的催化分解，使藥物發泡和包衣的方法稱為發酵。
2.發酵的主要目的
改變原有性能，產生新的治療效果，擴大藥物品種。比如六旋律，豆豉。
增強療效。如半夏曲。
3.發酵操作方法
根據不同的品種，用不同的方法加工後，在適宜溫度和濕度的環境中發酵而成。常用的方法有藥材和面粉混合發酵，如神曲、建曲、半夏曲、沈香曲等。另壹種方法是直接用藥材發酵，如豆豉、百草湯等。
發酵條件和過程是微生物的代謝過程，因此，在制備過程中應滿足其生長和繁殖的條件。
[細菌、營養物(培養基)、水、溫度、相對濕度和其他方面]
4.發酵產品的質量要求
氣味應該是芳香的，而不是發黴或腐臭。
塊表面黃白相間，內部有斑點更好。黑色的質量很差。
5.預防措施
發酵前應對原料進行滅菌和殺蟲處理，避免雜菌對發酵質量的影響。
發酵過程必須壹次完成，不能中斷或停頓。
溫度和濕度對發酵速度有很大影響。溫度過低或過幹，發酵速度緩慢甚至無法發酵，而溫度過高，黴菌可被殺死，無法發酵。