壹方面，從其歷史發展過程來看，發展中國家的經濟是建立在原有的傳統落後經濟基礎上的。隨著技術的進步、社會分工的發展和機器工業的出現，城市的現代經濟部門逐漸出現，從而形成了二元經濟結構。未來，二元經濟結構將向壹元現代經濟過渡。因此，二元經濟結構的出現不是偶然的，它是隨著現代經濟的出現和相對不發達的現代經濟而形成的。但是，既然有了壹定程度和規模的現代經濟，就支撐著整個國民經濟的技術改造和現代化來制造設備；二是可以為國民經濟的發展積累壹定的資金，支持傳統部門的發展和壯大，促進傳統部門的現代化；第三，具有經濟發展的導向和示範作用，吸引和促進傳統部門的創新，引導其走向現代化。
另壹方面，如果二元經濟結構長期存在並持續，特別是城鄉二元經濟差距長期持續擴大，將會產生很大的負面效應。這種負面影響主要表現在以下幾個方面:壹是造成傳統部門的長期落後，即農業的生產規模、技術水平、資本積累和農業收入較低，阻礙了農業的現代化。在利益的驅動下，農業勞動者會過度流向收入水平更高的城市，導致農業萎縮。二是限制現代部門尤其是城市現代產業的發展。落後的傳統農業會限制農業為工業發展提供食物、原料、副產品和市場的作用，不利於現代經濟的發展。而且，農村勞動力過度流向城市會導致城市難以承受的劣勢，比如公共設施不足、住房緊張、就業困難、社會秩序不穩定等。第三，導致城鄉差距、工農差距擴大，不利於整個國民經濟的持續、協調、穩定發展。