傳染病和傳染病的相似之處都是由病原體引起的，傳染病是壹種特殊類型的傳染病；傳染病不僅包括感染性疾病，還包括許多非感染性傳染病，如腹腔感染、呼吸機相關性肺炎、感染性心內膜炎等。尤其是近年來，由耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)和耐碳青黴烯類腸桿菌科(CRE)等多重耐藥菌引起的感染逐漸發展成為臨床上的難治性疾病，成為臨床診療的巨大挑戰。隨著傳染病譜的變化，“傳染科”逐漸取代了“傳染科”。
早期的感染性疾病科經過三個典型時期，發展成為今天的“感染性疾病科3.0版”。“感染性疾病科1.0版”是傳統的感染性疾病科，主要治療流行性腦脊髓膜炎、流行性乙型腦炎、傷寒、麻疹、病毒性肝炎等感染性疾病。“感染性疾病科2.0版”是根據2004年衛生部《關於二級以上綜合醫院感染性疾病科建設的通知》的要求，將SARS期間設立的發熱門診、腸道門診、呼吸門診和感染性疾病科統壹為感染性疾病科。隨著多重耐藥菌的增多，耐藥菌導致的死亡率呈快速上升趨勢。當務之急是建立能夠適應傳染病譜變化、與國際趨勢接軌的專業科室，培養具有細菌和真菌感染、抗菌藥物應用知識和能力的專業人才。2016年，國家衛生計生委發布了《關於提高二級以上綜合醫院細菌真菌感染診療能力的通知》(以下簡稱《通知》)，對抗菌藥物的合理使用乃至傳染病的發展都將起到積極的作用。在此背景下，感染科3.0版應運而生。