1、缺少電子商務專業人才
傳統企業普遍缺少電子商務人才，不僅奇缺高端技術人才和高端運營人才，而且缺乏大量的電子商務推廣人才，這是制約傳統企業開展電子商務的根本問題。調查發現，傳統企業對電商人才選擇上，急於求成，疏於培養，偏向請壹些外地的電子商務服務企業的人員來進行本企業電子商務運營管理工作，渴望在短期內使得自己企業電子商務收到預期效果；當無法快速實現期望時，就會失去信心，然後頻繁換人，形成“老板認為員工能力不行，員工覺得老板不懂電商”的怪圈。
2、線下線上銷售渠道整合困難
傳統企業與電子商務融合，多半會建立與線下銷售平行的電商部門，在缺乏協調和資源整合的情況，線上渠道與線下渠道就很容易發生利益沖突。比較常見的做法表現在產品售價上，要求電商渠道不得低於某個價格，對產品售價進行限制或控制。傳統企業內部已有成熟運作業務的各個部門，建立有壹套成熟管理機制，新成立的電子商務部門如何與其他部門協同合作，是許多傳統企業與電子商務開始融合時面臨的難題。
3、電子商務創新思維不足，缺乏整體規劃
由於不熟悉電子商務運營方式、不理解電子商務盈利模式，難以將電子商務融入到傳統業務之中，不能碰撞出創新的商業邏輯或商業模式。往往在沒有形成清晰的商業邏輯的情況下，跟著潮流開展壹般意義上的電子商務，諸如建平臺、做網站、開網店等，結果事與願違。