首先要看公司構建的是什麽樣的“阿米巴經營”，在阿米巴分工、核算機制設計、激勵機制設計中是否提前嵌入合理的規則，避免負面效應。很多激勵不相容的設計，比如太多的破碎單位，不壹致或者困難的獨立單位，復雜不合理的價格機制，錯誤的盈虧模型，都會導致大家所擔心的負面效應。比如“設備維護”設置為阿米巴，其收入來源將按照維護小時數向生產部門收取單位時間的服務費。這種設計很可能會造成設備單位為了增加收入而“混日子”“降低維修質量”，損害公司和生產單位的利益，必然會引發投訴和沖突，汙染組織氛圍。
其次，公司也要正確看待組織沖突。德魯克說過“組織的目的是解放和調動人的能力，而不是讓他們對稱或和諧。”。追求內部和諧必然導致外部市場的不和諧，因為追求內部和諧容忍了沒有競爭力的內部單位或部門的存在，掩蓋了能力缺陷，削弱了公司的整體競爭力，這也與引入阿米巴經營的初衷不符。
再次，協調事業部短期功利與公司長期利益的矛盾，需要從戰略事業、績效體系、長期激勵機制、企業整體組織功能建設等多方面進行構建。(來源:香港人文比佛利)
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