②殘效期短:因此，為了獲得更好的效果，需要多次連續噴灑，無疑會增加成本。
③防治效果不穩定:防治效果不穩定是Bt田間應用的致命缺點之壹。影響Bt防治效果的因素很多，主要有Bt的種類、Bt的劑型和施用技術、目標昆蟲的種類、蟲齡、蟲口密度和習性、環境因素的高溫和強紫外線等。
④殺蟲譜窄:對某些目標害蟲不敏感。雖然Bt可以侵染的昆蟲種類很多，但有些菌株對生產中的某些種類的害蟲殺蟲效果很低或沒有殺蟲效果，所以不能用Bt來防治生產中的所有害蟲。
⑤無內吸作用:不能殺死以農作物為食的害蟲，如螟蟲、螟蟲等。
⑥Bt制劑加工存在諸多問題:主要原因是劑型品種單壹。目前國內Bt的劑型只有粉劑、可濕性粉劑、懸浮劑、顆粒劑幾種，質量較差。同時加工技術落後，缺乏各種增效劑和增效因子來提高現有菌株的殺蟲活性。
⑦雖然Bt可以與農藥混用，但化學農藥可能會削弱Bt農藥對天敵安全和環境汙染的優勢。
⑧我國生產的Bt商品制劑中，仍存在有效成分不足，即活孢子數不達標，懸浮劑懸浮性能差，樣品分層明顯，發酵殘渣顆粒粗大；可濕性粉劑細度不夠，潤濕性差。部分產品防腐效果差，產品汙染後存在二次發酵現象。這些都影響了Bt商業制劑在田間的防治效果，影響了Bt制劑的大規模推廣使用，也是難以被農民接受的主要原因之壹。