1，發酵過程壹般是常溫常壓下的生化反應，安全，要求條件簡單。
2.發酵所用的原料通常是澱粉、糖蜜或其他農副產品，只需添加少量的有機和無機氮源即可進行反應。微生物可以選擇性地利用它們所需要的營養物質，因為種類不同。基於這壹特性，廢水和廢物可以作為發酵的原料來轉化和更新生物資源。
3.發酵過程是通過生物的自動調節來完成的，反應具有專壹性，因此可以獲得相對單壹的代謝產物。
4.由於生物本身的反應機理，它可以高選擇性地對壹些較為復雜的化合物的特定部位進行氧化、還原等化學轉化反應，也可以生成較為復雜的高分子化合物。
5、預防和控制發酵過程中雜菌的汙染非常重要。除了嚴格的消毒和空氣過濾，反應必須在無菌條件下進行。如果雜菌被汙染，生產會遭受巨大的經濟損失，如果噬菌體被感染，會對發酵造成更大的危害。因此，保持無菌條件是發酵成敗的關鍵。
6.微生物菌株是發酵的基本因素。通過誘變和菌株篩選，可以獲得高產的優良菌株，充分利用生產設備，還可以獲得常規方法難以生產的產品。
7.與其他行業相比，工業發酵具有投資少、見效快、經濟效益顯著的優點。