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乳酸菌是嚴格的厭氧菌，在有氧的情況下其發酵會受到抑制，所以用乳酸菌制作酸奶的過程要保持在密閉狀態，否則會導致發酵失敗。
在制作果醋的過程中，醋酸菌通過有氧呼吸產生二氧化碳和水，二氧化碳溶於水形成碳酸。隨著二氧化碳濃度的增加，溶液的pH值逐漸降低。在制作果酒的過程中，酵母通過厭氧呼吸產生二氧化碳和酒精，二氧化碳溶於水形成碳酸。隨著二氧化碳濃度的增加，溶液的pH值逐漸降低，所以在制作果酒和果醋的過程中，溶液的pH值逐漸降低。
制作果酒的酵母代謝類型為異養兼性厭氧，制作酸奶的乳酸菌屬於厭氧菌，只能在厭氧條件下繁殖，制作果醋的醋酸菌代謝類型為異養兼性好氧。腐乳是用豆腐發酵的，有很多微生物參與發酵，其中毛黴起主要作用。
毛黴是壹種絲狀真菌，有發達的白色菌絲。毛黴等微生物產生的蛋白酶類酶可以將豆腐中的蛋白質分解成小肽和氨基酸。脂肪酶可以將脂肪水解成甘油和脂肪酸。