1,在醫藥工業上的應用 傳統發酵產品包括抗生素、維生素、動物激素、藥用氨基酸、核苷酸（如肌苷）等。 90年代以來，常用的抗生素已達100多種，如青黴素類、頭孢菌素類、紅黴素類和四環素類。
另應用發酵工程大量生產的基因工程藥品有人生長激素、重組乙肝疫苗、某些種類的單克隆抗體、白細胞介素-2、抗血友病因子等。
2,在食品工業上的應用 主要包括： 第壹、生產傳統的發酵產品，如白酒、啤酒、黃酒、果酒、食醋、醬油等， 第二、生產食品添加劑，防腐劑，色素，香料，營養強化劑。如L-蘋果酸、檸檬酸、谷氨酸、紅曲素、高果糖漿，黃原膠，結冷膠，赤蘚糖醇等。 第三、單細胞蛋白的生產。
3,在環境科學領域的應用：汙水處理用微生物 。
4,在化工能源領域的應用，包括各種有機酸，長鏈二元酸，聚合有機物，生物材料，生物塑料，生物多糖，生物氫，燃料乙醇，酒精，丙酮，丁醇，總溶劑。
5,在農業領域的應用： 各種農用，獸用抗生素，維生素，激素，氨基酸，食用菌，酶制劑，微生態制劑，微生物肥料，發酵床，發酵豆粕等
6,主要的酶制劑產品均為發酵工業生產，包括糖化酶，澱粉酶，蛋白酶，纖維素酶，脂肪酶，植酸酶，葡萄糖異構酶，葡聚糖酶，轉苷酶等。