1.定向微生物轉化和基因工程技術
通過定向微生物轉化和基因工程技術，微生物可以在發酵過程中更高效地合成有用物質，從而實現工業化生產。
2.新型發酵技術的研究。
針對工業生產中存在的產品分離困難、能耗高等問題，新型發酵技術的研究將成為壹個重要的研究方向。
3.智能發酵過程控制技術的應用
智能發酵過程控制技術可以實現對微生物發酵過程中各種參數的實時控制，從而優化發酵生產的效率和質量，將成為未來發酵工程的發展方向之壹。
4.開發新的生物材料
發酵工程中的微生物不僅可以生產有用的化學品，還可以合成各種新型生物材料，如生物降解材料和醫用生物材料。這些新型生物材料的研究將成為未來的熱點。
5.環境汙染控制
發酵工程中的微生物可以很好的控制環境汙染，發酵廢棄物可以作為優質肥料為環境保護和可持續發展做出自己的貢獻。