1、表型鑒定。主要以魚的形態結構為主，包括可數形狀和可量形狀，還有魚體外部和內部結構的主要特征，通過測量構建判別方程來鑒定種質。可數性狀數據有側線鱗數、側線上鱗、背鰭棘數、背鰭條數、臀鰭棘數、臀鰭條數，***7項:可量性狀數據有全長、體長、體高、頭長、吻長、眼徑、眼間距、尾柄長、尾柄高和體重，***10項。框架數據的測量主要依據定位點的選擇。將可量性狀參數和框架參數等合在壹起，求其平均校正值，作聚類分析和判別分析，通過代入判別方程或通過計算機處理來判別所屬。表型鑒定需要大量樣本，過程繁瑣，數據采集難度大，並目受環境影響大，所得到得種群間遺傳分化量的變化信息少，不能滿足種質鑒定和遺傳差異的定量估算和進化關系的評定。
2、是遺傳信息的主要載體，每壹物種都具有相對穩定的數目及形態結構，染色體能通過細胞分裂而復制，並且在世代相傳的過程中具有穩定地保持形態、結構和功能的特征。物種在進化過程中所發生的遺傳物質的變化，常表現為染色體數目和結構的變化，這種變化在物種的行程中起著重要作用，也表現了生物在染色體水平的多樣性。常見方法有染色體核型的分析以及對DNA含量的測定。